本局成立於日據時期名稱為「高雄州屏東稅務出張所」，在民國39年10月改為屏東縣稅稽徵處，負責辦理本縣的國、省地方稅捐稽徵業務。自民國92年起，營業稅業務移撥國稅局辦理，本局業務回歸到地方稅徵收及各項行政工作。民國97年2月20日因應地方稅制度法修正，機關名稱更名為屏東縣政府稅務局，原三分處更名為潮州、東港、恆春分局。迄民國107年3月1日與財政處整併改制成「屏東縣政府財稅局」。